常用的有機肥發酵方法有四種:槽式發酵、條垛發酵、高溫封閉發酵罐和納米膜覆蓋發酵。

發酵罐需要建造地面或地下發酵罐，在發酵罐兩側的間距壁上鋪設導軌，罐舵柄向上移動，系統具有軌道交換機構，可實現不同發酵罐之間的轉換。槽式發酵具有單一處理能力大、設施設備投資高的特點，適用于大型農場。

堆垛發酵不需要建造發酵槽，糞便在硬化的平坦表面堆積成一定的高度和寬度。地面堆垛機騎在樁上，通過滾筒或絞車旋轉，自然風從樁兩側進入樁，為堆肥發酵提供氧氣。堆垛發酵設施投資低，地面堆垛機形式多樣，價格不同。

高溫封閉發酵罐發酵在封閉發酵罐中進行，溫度、通風和攪拌可手動控制，無異味，發酵周期短，營養損失少。單一加工體積小，適用于家禽養殖場。